Lägret, Malakasa, ligger i knappt fyra mil från Aten och har stängts för in och utpassering i två veckor sedan en afghansk man bekräftats smittad.
Mannen och hans familj har satts i karantän och testning pågår i hela lägret, enligt departementet.
Tiotusentals migranter lever i svåra förhållanden i olika läger i Grekland och ett utbrott pågår redan på en migrantanläggning i Ritsona där 23 personer bekräftats smittade. Även det lägret har satts i karantän och restriktioner har införts i alla flyktingläger för att hålla de boende skiljda från lokalbefolkningen.
Många av lägren är överbefolkade vilket gör det omöjligt att hålla avstånd.