De 500 ensamkommande befinner i nuläget bland annat i migrantläger på de grekiska öarna Lesbos och Chios.
Förhållanden i de grekiska migrantlägrena har tidigare fått kritik, bland annat för att vara trångbodda och ohygieniska.
Med respekt för den pågående spridningen av covid-19 kommer de minderåriga att spendera två veckor i karantän när de ankommer till Tyskland.
Den tyska utrikesministern Heiko Maas uppmanar fler europiska länder att ta emot minderåriga från lägren.
Frankrike, Portugal, Finland, Litauen, Kroatien och Irland har sedan tidigare förbundit sig att ta emot barn och unga från de grekiska lägren.
Men mottagandet hotas nu av de stängda gränserna i många av dessa länder.
Tyskland och Luxemburg är hittills ensamma om att ta emot minderåriga under den pågående coronakrisen.