De Croo bor i orten Brakel i regionen Flandern och skadegörelsen skedde någon gång mellan söndag kväll och måndag morgon. Totalt sju hakkors målades på husets fasad och på brevlådan framför, enligt tidningen Het Laatste Nieuws rapportering.
I lördags hölls en högerextrem demonstration i Brakel, där polis höll uppsikt över premiärministerns bostad. Nu utreds huruvida det kan finnas någon koppling mellan händelserna.
Alexander de Croo tillträdde som premiärminister i oktober och hans koalitionsregering har utstått kritik från vissa håll om att smittskyddsåtgärder har införts på ett odemokratiskt vis.