Det redovisade priset för respiratorerna var så högt att misstankar om brott väcktes, enligt polisen.
Bolivia köpte de 179 respiratorerna från Spanien för motsvarande nära 268 000 kronor styck. Men det visade sig sedan att tillverkaren erbjöd maskinerna för 100 000–106 000 kronor styck.
Enligt polisöverste Ivan Rojas greps Navajas i staden La Paz, dagen efter att interimspresidenten Jeanine Áñez beordrat en utredning om möjlig korruption i ärendet "oavsett vem det drar med sig i fallet".
Kräver fängelse
Navajas har redan sparkats från sin ministerpost, enligt en regeringstalesperson.
IDB, en regional utvecklingsbank, förmedlade respiratoraffären och två anställda därifrån har kallats till vittnesförhör. Även ett spanskt företag har varit mellanhand.
Förutom Navajas har fyra andra anställda på hälsovårdsdepartementet gripits enligt ett uttalande från riksåklagaren på onsdagen – som också anger att inblandade mellanhänder i utlandet ska utredas.
Interimpresidenten Áñez, som tillsatte Marcelo Navajas på hans post i början av april i år, vill att alla inblandade ska dömas till fängelse.
"Varje penny från korruption måste återlämnas till staten", skriver hon på Twitter.
"Möjliga oegentligheter"
Utvecklingsbanken IDB skriver i ett uttalande på onsdagen att den är oroad av "möjliga oegentligheter vid inköp av respiratorer"
Skandalen började rullas upp i förra veckan sedan läkare i landet klagade på att de inköpta maskinerna inte var anpassade för bolivianska intensivvårdsavdelningar.
Bolivia har enligt den officiella statistiken cirka 4 500 bekräftade fall av smittade av coronaviruset, varav 190 har avlidit.