Nu meddelar populisten att han lämnar både president- och premiärministerposterna för att som "vanlig medborgare" ställa upp i presidentvalet den 10 januari.
51-åringen, som fram till för några veckor sedan satt i fängelse för kidnappning men sedan fritogs av anhängare, tog över makten efter protester mot valet i oktober.
Japarov utlovade nya parlamentsval i december, men avlyste sedan valen och upplöste valkommissionen. Han manade även till grundlagsändringar för att få ställa upp och kunna röstas fram som president – vilket inte är tillåtet för en tillförordnad ledare enligt konstitutionen.
Parlamentets talman Talant Mamytov, allierad med Japarov, tar nu tillfälligt över presidentens befogenheter medan Artem Novikov går från vice till tillförordnad premiärminister.