Ordern var en av flera Biden skrev under vid bakom skrivbordet i Ovala rummet under sin första dag som USA:s president.
Men Texas delstatsminister, republikanen och Trump-anhängaren Ken Paxton, överklagade genast ordern.
"En i det närmaste total uppskjutning av deportationer skulle bara sätta Texas i fara och underminera federal lag", säger han i ett uttalande, och har nu fått stöd av en federala domare i delstaten.
Domaren Drew Tipton har satt ett 14 dagar långt tillfälligt stopp för presidentordern för att dess biverkningar ska kunna utredas. Ordern gäller hela USA.