De två misstänks för att ha samlat in pengar till Navalnyjs politiska verksamhet.
Utredningen mot Leonid Volkov och Ivan Zjdanov är den första offentliga utredningen som baseras på beslutet att klassa Navalnyjs antikorruptionsstiftelse som en extremistgrupp.
Brottet de utreds för kan leda till fängelse i upp till åtta år.