Det är det första steget mot massvaccinering – samtidigt som landet förbereder sig för att stå värd för OS.
10 000–20 000 vårdarbetare kan få en dos av Pfizer/Biontechs vaccin redan på onsdag. Därefter väntas vaccinet vara tillgängligt för fler läkare och äldre i april.
Japans regering har ännu inte offentliggjort någon plan för hur och när landets 126 miljoner invånare ska vaccineras.
OS i Tokyo skulle egentligen ha hållits förra året. Men det sköts upp ett år och nu är tanken att det ska ske i sommar i stället – trots att pandemin fortsätter att rasa runt om i världen.
Idrottare och andra deltagare har uppmuntrats att vaccinera sig, men det är inget krav.