Vara SK gick upp till 3-0 efter mål av Leo Persson, Carl Wallentinsson och Sami Mehri.
Motala FK kom tillbaka efter mål av Eden Iradukunda och specielle målskytten Charbel Hanna, men kom inte närmare än till 2-3.
I MFK:s premiärlag spelade flera nyförvärv, bland andra Maifs fotbollsmålvakt Edrisa Bojang som debuterade i MFK-tröjan.
MFK coachades av tränaren Elmer Civgin, tillsammans med Ivan Rako. Civgin ville ge Khaled Qasem beröm, som inte tränat något inomhus, men i övrigt var det blekt som lag.
– Vi hade pratat om hur Vara spelar, deras omställningar, men vi tog inte instruktionerna. Vi ryckte upp oss i andra och hade lägen att göra 3-3, men bollen ville inte in, säger tränaren.
Nästa match: MFK:s hemmapremiär i ettan spelas nu på lördag klockan 14 i Motala sporthall, mot FC Assyriska Örebro.